臥式加工中心與立式加工中心有共同之處，就是以銑削功能為主要功能，不同之處在于：他們的結構存在差異、產品的定位不同、加工工件的形式也不一樣。
1、兩者的主軸結構不同。
臥式加工中心指主軸為水平狀態的加工中心；立式加工中心是指主軸為垂直狀態的加工中心。
2、兩者的主要部件結構;立柱，有明顯差異。
臥式加工中心的立柱，都是設計成動柱式的，正T型的臥式加工中心，其立柱沿X向移動，倒T型的臥式加工中心，其立柱沿Z向移動。移動立柱的結構，就要求立柱必須在滿足剛性的前提下，盡可能的輕巧，進口機床往往用鋼板焊接結構來到達這樣的目的。
立式加工中心的立柱一般設計成不移動的。為了追求剛性，一般制造時盡可能使其粗壯。偶爾也有設計成動柱式立式加工中心，動柱立式加工中心工作臺只做X或Y向運動，而立柱相應會做Y或X向運動，這種設計方式對立柱的驅動電機有較大的功率要求。
3、兩者的工作臺形式不同。
臥式加工中心的工作臺，只設計成X或Y向運動，工作臺形式一般是點陣螺孔臺面的旋轉式工作臺，相對較容易選裝交換式雙工作臺。
立式加工中心工作臺，通常為十字滑臺結構的T型槽工作臺，有兩套運動機構負責相互垂直方向的移動，X向進給的工作臺覆蓋在負責Y向進給的導軌之上。
4.兩者加工時的排屑狀況不同。
立式加工中心，由于其結構的特點，通常在加工型腔或下凹的型面時切屑不易排出，嚴重時會損壞刀具，破壞已加工表面，影響加工的順利進行。
而臥式加工中心加工時排屑容易，加工狀況相對較理想。
5、兩者的操控有所不同。
一般臥式加工中心所加工工件，都比較龐大，裝夾困難，不容易監控加工過程，操作調試相對困難。
而立式加工中心裝夾一般很方便，便于操作，易于觀察加工情況，調試程序容易。
6、兩者加工對象不同。
臥式加工中心，一般在一次裝夾后，可以完成除安裝面和頂面以外的其余四個表面的加工，適合加工箱體類零件，加裝角度頭后可以實現五面體加工。
而立式加工中心，受立柱高度及換刀裝置的限制，不能加工太高的零件，適合加工盤、套、板類零件，所加工工件體積相對較小，如果要實現工件的側面加工必須加裝角度頭或者數控轉臺。如在工作臺上安裝一個沿水平軸旋轉的回轉臺，可用以加工螺旋線類零件。
總結一下：臥式加工中心結構復雜度要超過立式加工中心，有能力生產臥式加工中心的工廠數量遠小于立式加工中心工廠，相同工作范圍的臥式加工中心價格往往是立式加工中心的兩倍以上。
